按照获取营养的方式不同，用于污染物生物除臭的微生物有自养菌和异养菌两大类。自养菌更为适合用于无机物的转化，我们在有机废气生物除臭的过程中使用的多为异养菌，异养菌是通过有机化合物的氧化来获取营养物和能量，在适当的温度、酸碱度和有氧的条件下，该类微生物能较快地完成污染物的降解。

　　在生物法废气治理领域当中异养菌广泛的应用于降解有机物如乙醇、硫醇、酚、甲酚、吲哚、脂肪酸、乙醛及胺等。在废气生物处理的系统中微生物是工作的主体，只有了解和掌握微生物的基本生理特性，筛选、培育出优势高效菌种才能获得较好的净化效果。

　　以一种物质作为目标污染物的微生物菌种一般是通过污泥驯化或纯培养的方法来进行的。而对于含有复杂的、多种污染成分的目标污染物，则必须用混合培养的方法，驯化、培育出分工、协作的微生物菌群来完成污染物的降解任务。

　　用于大气污染控制的一些微生物菌种如下：假单胞菌属可处理乙烷等小分子烃类，诺卡氏菌属可处理二甲苯、苯乙烯等小分子芳香族化合物，黄杆菌属可处理氯甲烷、五氯苯酚等氯代化合物，放线菌可处理甲苯等芳香族化合物，真菌可处理聚乙烯等聚合高分子，氧化亚铁硫杆菌可处理二氧化硫、硫化氢等无机硫化物，氧化硫硫杆菌可处理硫醇等有机硫化物。

　　特定的微生物群落有其特定的污染物处理对象。在某些情况下起净化作用的多种微生物在相同条件下均可正常繁殖。因此在一个装置内可同时处理含多种污染物的气体。

　　在开展筛选、培育优势高效微生物菌种方面，国内外开展了大量新的探索。根据遗传学原理，通过改变外部环境条件（光照或化学药剂），诱发基因突变以生产优良菌株；利用生物工程技术，通过对微生物基因（DNA）的剪切、重组得到超级微生物，发展固定化微生物(酶)技术，提高生物法净化气态污染物的效率。